وتقام الصلاة في الكنيسة الكبرى بالكاتدرائية المرقسية في العباسية، ويشارك فيها أعضاء المجمع المقدس، ويحضرها عدد كبير من القيادات السياسية والحزبية من خارج وداخل مصر.
وعقب الصلاة يتوجه الجثمان إلى دير الأنبا بيشوى بوادي النطرون، 100 كيلومتر بعيداً عن القاهرة على طريق مصر - إسكندرية الصحراوى، ليتم دفنه هناك حسب وصية البابا شنودة الذي عاش هناك سنوات رهبنته.
ووضع جثمان البابا شنودة بعد تحنيطه على الكرسي البابوي، حيث يتوافد عليه الأقباط من مصر وخارجها لتوديعه الوداع الأخير، وذلك طوال يومي الأحد والاثنين.
وبعد الانتهاء من مراسم تشييع الجنازة، سيبدأ العد التنازلي لعملية اختيار البابا، وقد تغيرت قواعد اختيار البابا أكثر من مرة على مدار 2000 عام، وهو عمر الكنيسة
المصرية القبطية، ليتم الاختيار حالياً طبقاً للائحة المعروفة بلائحة 57، نسبة لعام 1957 الذي صدرت فيه، حيث سيتم اختيار البابا رقم 118 ليخلف البابا شنودة الثالث.
ومن حق أي راهب أن يرشح نفسه بشرط ألا يقل عمره عن 40 عاماً وألا تقل مدة رهبنته عن 15 عاماً، ويجب أن يحصل على تزكية 6 من الآباء والأساقفة والمطارنة وعدد من المجالس المالية.
وتقوم لجنة الترشيح بمراجعة الأوراق ومدى موافاتها للشروط، ثم يعقد المجمع الانتخابي، وهو مجمّع مكون من رجال أعمال أقباط وشخصيات قبطية، إضافة إلى المجمع المقدس المكون من الآباء والأساقفة ورؤساء الأديرة ويتم أخذ الأصوات.
وتجري عملية الانتخاب والتصويت لمدة يوم واحد فقط في حضور ممثل عن رئيس الجمهورية وممثل عن وزير الداخلية.
طفل يختار البابا
وبعد إجراء عملية الاقتراع يتم اختيار ثلاثة مرشحين حصلوا على أعلى نسب تصويت، وفي يوم الأحد الذي يلي عملية الانتخاب والتصويت يجرى ما يعرف باسم"القرعة الهيكلية".
وتتم كتابة أسماء الثلاثة في ثلاث ورقات في "صندوق زجاجي شفاف"، ويختارون طفلاً من أطفال الكنيسة، ليختار ورقة من الثلاث ورقات، والتي سيكون الاسم المدوّن فيها هو الفائز بمنصب بابا الكنيسة الأرثوذكسية، ولا يحق الاعتراض على القرعة التي تسمى "القرعة الهيكلية". وبعد تنصيب البابا الجديد يصدر رئيس الجمهورية قراراً بتعيينه.
ولا يشمل التصويت جميع المسيحيين المصريين، وتنص لائحة عام 1957 على أن الذين يحق لهم التصويت يتراوحون بين 1500 و2000 شخص.