حذر الدكتور احمد الطيب شيخ الازهر من إقامة أية مساجد طائفية لمذهب أو فئة بعينها، تنعزل عن سائر الأمة وتشق الصف خاصة ما سميت بالحسينيات، معلنا أن الازهر ليس في حالة عداء مع أي دولة إسلامية لكنه يرفض أي محاولة تهدف إلي بناء دور عبادة لا تسمى باسم المسجد أو الجامع لتزرع الطائفية وثقافة الكره أو الاساءة لأصحاب رسول الله صلى الله عليه وسلم.
وأوضح الطيب اثناء لقائه بعدد من علماء الازهر والصوفيين الاحد ان هذه الفتنة تهدد الوحدة الروحية والاجتماعية لمصر و تكشف عن نزعة طائفية لايعرفها أهل السنة والجماعة في مصر، مضيفا ان الازهر والمصريين المصريين هم أكثر شعوب الأرض قاطبة حبًا واحترامًا واجلالاً لآل بيت رسول الله صلى الله عليه وسلم وصحابته الكرام ولا يقبلون في ذلك مزايدة ولا احتيالا.ً
وأضاف أن الازهر حافظ على عقيدة أهل السنة من التحريف وانتحال المبطلين وأبوابه مفتوحة لكل المسلمين بغض النظر عن مذاهبهم الفقهية أو انتماءاتهم السياسية، مضيفا أن الدين يقوم على كلمة التوحيد والنطق بالشهادتين ولا يشق عن القلوب، أو يفرق بين الناس وأن المسجدُ هو عنوان هذه الوحدة الجامعة ولهذا أوجب الفقهاء أن تفتح المساجد أبوبها للمؤمنين كافة حتى تصح الصلاة فيها، وتنعقد فيها الجماعة.