أكَّد البابا شنودة في برنامج "وجهة نظر" أنَّه عندما توفى شيخ الأزهر الدكتور، محمد سيد طنطاوي، ذهب للعزاء، ووجد أنَّ النَّاس تعزيه هو، معلنًا أنَّه يتفق مع تصريحات شيخ الأزهر الحالي الدكتور أحمد الطيِّب بأنَّ حوار العقائدي خط أحمر لاينبغى التَّطرق إليه، داعيًا إلى أنّْ يتمَّ الحوار الدينى في النقاط المشتركة، وأنّْ يكون لخير البلد ونشر الفضيلة والقضايا الوطنيَّة.
وأرجع شنودة السبب في تأخر الكنيسة في إعلان موقفها من تصريحات بيشوي إلى أنَّه لم يتوقَّع أنّْ تتطور الأمور بهذا الشكل، وقال: في بداية الموضوع كانت الكنيسة هي من تشكو من مثل هذه التصريحات، ولم أتوقع أنّْ الأمور ستتطوَّر بهذه الخطورة، مشيرًا إلى أنَّه لم يلتق بيشوي من خمسة أو ستة أيام، وأنَّه لم يناقشه في تصريحاته.
وحول وصف بيشوي لمسلمي مصر بأنَّهم ضيوف على مسيحييها، قال البابا في حوار مع عبد اللطيف المناوي رئيس قطاع الأخبار بالتليفزيون: "ليس كل ما ينشر في الصحف يجب تصديقه فربما أخذت هذه العبارة من حديث طويل، نحن يا أخي في أرض يملكها الله، ونحن ضيوف في أرضه، ولا نستطيع القول إنَّ المسلمين ضيوف على الأقباط ، فأنا أستطيع أنّْ أقول نحن الأقباط ضيوف على المسلمين بإعتبارهم الأغلبية. فكلنا أهل بلد واحد، أخوة وأبناء وجيران وأصدقاء".
واتهم الصحافة بالتسبب في الأزمة، من خلال ما وصفه بنقلها عبارة عن بيشوي بطريقة غير دقيقة، وقال: "أعتقد أنَّ الصحافة أعطيت حرية، لكن البعض تجاوزها، المفروض أنّْ تكون رسالة الصحافة لخير البلد، وعدم تعريضه لمشاكل وتوتر". وتابع قائلاً: الأنبا بيشوى أخ ذكس، يدافع عن الإسلام في الداخل والخارج، ولذا أرجو أنّْ تكون هذه العبارة كتبت بطريقة صحافيَّة غير دقيقة، وهذه العبارة شاذَّة في لغته ومنطقه، فكلنا نتحدث عن مصر ومحبَّتها، كلنا أبناء مصر وأسرة واحدة، وإثارة هذا الموضوع أمر غير لائق".
ونفى أن يكون قد التقي الدكتور محمد سليم العوا ضمن ما يعرف ب"الحوار بين الأديان"، وقال: لا أريد أنّْ أتعرض لأشخاص، ولكن لم يحدث أنّْ قام أي حوار بيننا وبين سليم العوا في يوم من الأيَّام.
واعتبر البابا أنَّ قضية إختفاء كاميليا زوجة قس المنيا، كانت سببًا في زيادة الإحتقان الطائفي في مصر، وقال: "المسألة بدأت من مشكلة السيِّدة كاميليا الَّتي اعتبروها إنَّها أسلمت، وأخذت منهم، بينما هي لم تسلم مطلقًا، وظهرت في تسجيل لها بالصوت والصورة على إحدى مواقع الإنترنت، وقالت: "أنا مسيحيَّة ولا تتدخلوا في حياتي الشَّخصيَّة وحياة زوجي"، ولكن الجانب الآخر أصر على فكرته، والمسألة تحوَّلت إلى هياج كبير استخدمت فيه الشتائم، ومع ذلك نحن لم نتكلم والتزمنا الصمت".
وحول السبب في نشر تسجيل فيديو لكاميليا عبر الإنترنت، وعدم السماح لها بالحديث إلى وسائل الإعلام مباشرةً، خصوصًا في ظل تشكيك الكثيرين فيه، قال إنَّه عندما ظهر تسجيل فيديو لفتاة تدعى مريام من مدينة كفر صقر محافظة الشَّرقيَّة، أعلنت فيه إسلامها، لم يشكك فيه المسيحيون، ولم يطالبوا برؤيتها، وإستطرد: يجب ألاَّ يسود مبدأ الشك بيننا، لافتًا إلى أنَّه لا يعلم شيئًا حول طريقة التَّسجيل، أو أين تمَّ ذلك، مؤكِّدًا أنَّه شاهده فقط مثل باقي الناس، ووجد أنَّها تتحدَّث بتلقائيَّة، وبدون "لجلجة".
وردًّا على سؤال عمَّا إذا كانت الكنيسة حاكمت المسؤولين عن إثارة الأزمة، أوضح البابا أنَّ هذه الأمور تحتاج إلى تحقيق دقيق لمعرفة المخطئ، مشيرًا إلى أنَّ هناك الكثير من الكهنة الذين ارتكبوا أخطاءًا شديدةً، وحكموا كنيسيًّا، مؤكِّدًا أنَّه لا يعلن عن ذلك حتَّى لا يفضحهم، وبذلك يكون قد عاقبهم مرتين، لافتًا إلى أنَّه عندما يكسر أحدهم قوانين فعليها أنّْ تحاكمه هي".
ورفض البابا إطلاق وصف "مظاهرات" علي ما يقوم به الأقباط في الكاتدرائيَّة أو في الكنائس بالمحافظات عند حدوث أزمة أو مشكلة، وفضَّل وصف "تجمعات"، وفي المقابل أطلق هذا الوصف على ما قام به مسلمون مطالبين بعودة كاميليا إعتقادًا منهم بأنَّها أجبرت على العودة إلى المسيحيَّة بعد اعتنقاها الإسلام.
وقال: قمنا بتجمع بالكنيسة للمطالبة بإرجاع السيِّدة، ولم يحدث به شتائم أو عنف، وقام بهذا التجمع أتباع القسيس الذي إختفت زوجته، ولم يتم فيه جرح للشعور، بعكس ما يحدث في المظاهرات الأخرى من شتائم وجهت لي شخصيًّا.
وطالب البابا بمنع المظاهرات في المساجد يوم الجمعة في مقابل منع ما أسماه ب"تجمع الأقباط" في الكنائس أو الكاتدرائيَّة يوم الإربعاء.
واستنكر شنودة ما يقال حول أنَّ الكنيسة دولة داخل الدولة، مشيرًا إلى أنَّ هذا الإتهام يتردَّد منذ نحو عشرين عامًا، وقال إنَّ الإقباط ليس لهم وجود في مؤسسات الدولة، مثل البرلمان، النقابات، مجالس القرى والمدن.
ورفض الإتهام بأنَّ الأقباط يستقوون بالخارج، مؤكِّدًا أنَّ الدولة لديها أجهزة تستطيع من خلالها أنّْ تعرف هل يحدث ذلك أم لا، كما استنكر ما وصفه ب"تباطؤ القضاء في إصدار حكم في قضيَّة مقتل 6 مسيحيين ومسلم صبيحة الإحتفال بأعياد الميلاد، على الرغم من أنَّ الجاني مسجَّل خطر، وكل الأدلَّة تؤكِّد ارتكابه للجريمة.